由于单体丙烯酰胺在聚合时发生链转移产生支链，使PAM高分子链结构中包含以支链和亚胺桥为主的交联结构。交联适度则相对分子质量高且易溶解，交联多则产物不溶。若减弱分子链的缔合，则PAM玻璃化温度降低，较易溶解。在加入低分子酰胺化合物（如尿素）后能消弱PAM的链间缔合，从而改善PAM的溶解。此外，尿素还有抑制产品交联和提高PAM相对分子质量等作用。制备高相对分子质量PAM为所追求的目标，但相对分子质量越大，则支链越多，所以增加了PAM溶解的困难。 PAM水解度： PAM的溶解可在适度水解下进行，水解度越大越溶解。PAM在大于200C下容易分解，在210C无氧条件下，PAM中酰胺基脱水转变为氰基；在500C下聚丙烯酰胺PAM炭化为黑色粉末。PAM分子中的酰胺基具有很高的活性，包括增稠、絮凝和降阻等多种性质。 PAM：毒性：PAM本身没毒，但由于聚丙烯酰胺PAM分子内残留着丙烯酰胺，而丙烯酰胺有毒，在聚丙烯酰胺PAM中一般允许丙烯酰胺残留量为1%。应用于水净化、蔗糖汁澄清等食品方面及与食物接触的纸张，而聚丙烯酰胺PAM中丙烯酰胺残留量应小于0.05%。

聚丙烯酰胺作用有： 1、絮凝作用原理：PAM用于絮凝时，与被絮凝物种类表面性质，特别是动电位，粘度、浊度及悬浮液的PH值有关，颗粒表面的动电位，是颗粒阻聚的原因加入表面电荷相反的PAM，能使动电位降低而凝聚。 　　 2、吸附架桥：PAM分子链固定在不同的颗粒表面上，各颗粒之间形成聚合物的桥，使颗粒形成聚集体而沉降。 　　 3、表面吸附：PAM分子上的极性基团颗粒的各种吸附。 　　 4、增强作用：PAM分子链与分散相通过种种机械、物理、化学等作用，将分散相牵连在一起，形成网状，从而起增强作用。

聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacryamide gel electropHoresis, PAGE)是由丙烯酰胺单体和交联剂甲叉双丙烯酰胺在催化作用下形成的三维网状结构物质。在不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳中，凝胶的制作是分层进行的，因此凝胶不仅有分子筛效应，还具有浓缩效应。和琼脂糖凝胶相比，聚丙烯酰胺凝胶难于制备和处理。它们的分离范围较窄。但是它们也有突出的优点，由于是不连续的pH 梯度，故样品被压缩成一条狭窄的区带，因而增强了分离效果，提高电泳分辨率。尤其对小DNA 分析(5～500bp)。在这一范围内，仅差1bp 的DNA 分子也能清晰地分开。其次，DNA 纯度很高。从聚丙烯酰胺凝胶中得到的DNA 纯度很高以致于下步操作不用任何处理。还有，它的负载容量高。该胶的标准加样槽中可以加入高达10mL 的DNA 样品，而不影响电泳分辨率。多应用于分离纯化和鉴定大小为5～500bp 片段。