有多种染色体病(比如唐氏综合征，即21三体综合征)和代谢病(比如尿症)都可导致脑发育障碍，影响语言功能发育。同时，也是一个重要原因。有70%～80%的儿童会出现语言发育障碍。造成脑发育障碍的原因很多，必须弄清原因才能有的放矢地进行或康复锻炼，改善患儿的状况。小儿在3岁前的脑组织发育还不完全，还处于迅速发展的时期，大脑的可塑性极强，恢复能力快，在这一时期如能及时应用早期康复及早期干预的方法，促进可能发展为脑损伤后遗症的高危新生儿的潜能发挥。

造成说话不清楚的原因多种多样，很多原因是不容忽视的。做语言障碍矫正工作这么多年里，在10岁以上的语言障碍者中，有很大一部分都是在孩子小的时候，家长以为慢慢会好，结果一直拖到了十多岁，而这类孩子除了发音影响交流，还有一个比较普遍的特点，就是或多或少产生了心理问题，由于自身的语言问题，不愿与别人交流，常常有自卑的表现，这些心理因素对孩子的学习和成长造成的影响甚至比语言问题本身还要大。

说回造成3岁宝宝说话不清楚的原因，直接的原因主要是发音的结构或功能的异常，如先天会造成发音结构的不完整，这里也特别说一下，很多人以为通过手术修复上腭结构以后，就可以正常发音了，但其实并非如此，首先，正常儿童的语言发育体现在发音上也是从不清楚到清楚的过程，这个过程要经历很长的时间，这是因为发音动作实际上是个对精度要求非常高的动作，一个音素一个发音动作，要完全掌握这么多的动作，并且能把动作连接起来组成音节，对发音的肌肉力量和协调性要求非常高，需要长期学习和练习才能做到，先天儿童在手术前，很多发音动作根本做不到，手术后，新建立的完整结构也没有得到足够的练习，发音很大程度上是满足不了准确发音的要求的，如果不进行语音矫正训练，发音的功能很难自然恢复的，这是因为随着年龄的增长，已经过了正常语言发育期，而且对于手术比较晚的患者，术前如果已经形成了发音习惯，术后没有外界干预，想自己改正就更难以实现了。