在抗洪防病消毒时，常采用次氯酸钠溶液进行消毒，其杀菌作用与漂白粉基本相同。由于次氯酸钠在水中同样产生次氯酸，再在水中极易产生氧原子和氯原了，病原体蛋白受到氧化和部分氯化作用而死亡。其消毒灭菌效果决定于溶液中的有效氯含量。由于生产次氯酸钠溶液的工艺流程及方法不司，次氯酸钠原液中有效氯含量常并不相同，若配制不当（因含量过高或过低），可造成浪费药液或影响消毒效果。

工业级次氯酸钠固体广泛用于纸浆，纺织品，化学纤维和淀粉的漂白，并且是工业生产中尤其是食品工业中的重要化学产品。它的外观通常为淡黄色或白色非常不稳定的固体，与有机物或还原剂混合时很容易爆炸。 工业级固体次氯酸钠在空气中非常不稳定，加热时会迅速分解。通常，固体次氯酸钠在使用前会溶于水。由于次氯酸钠具有很高的氧化性，因此常用于灭菌。但是，强氧化性也对物质特别是高腐蚀性的高浓度水溶液造成损害。

杀菌消毒、除藻一直是水体净化、污水治理中的重要步骤。次氯酸钠可以作为消毒剂应用在这个方面。次氯酸钠能杀菌、除藻是因为其可以破微生物细胞膜内的酶系统，影响细胞的生命活动，进而导致微生物的消亡。研究发现次氧酸对大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，枯草杆菌有非常明显的灭杀作用。研究了次氧酸钠的除藻能力，发现pH值越低，次氯酸钠的除藻能力越强。同时次氯酸钠浓度越高，对叶绿素a的褪色效果越好，抑制藻类细胞繁殖，达到除藻效果。分析评价了次氯酸钠消毒综合治疗台水路的效果，表示次氯酸钠能灭杀致病菌如铜绿假单胞菌等水样中的微生物，可以用来消毒口腔治疗台的水路系统。