水箱散热器不应与任何酸、碱或其它腐蚀性性质接触。建议使用软水，硬水需软化处理后使用，避免造成水箱散热器内部堵塞及水垢的产生。使用防冻液，为了避免水箱散热器的腐蚀，请务必使用正规厂家生产且符合国家标准的长效防锈防冻液。在安装水箱散热器过程中，请不要损坏散热带(片)和碰伤水箱散热器，以保证散热能力和密封。水箱散热器内完全放水再注水时，要先将发动机缸体的放水开关扭开，有水流出时，再关上，从而避免产生水泡。在日常使用中应随时检查水位，要停机降温后加水。加水时，将水箱盖慢慢打开，作业人员身体应尽量远离加水口，以防高压蒸汽由加水口喷出造成事故。

水垢往往在冷却狭隘、缝隙处沉淤和阻塞，构成部分区域冷却水的过热和气化，引起刚体的热不平衡，尤其是在近排气门水道窄缝处，形成缸体破损，也经常有发作的。在冷却系统里有了较厚水垢后，如果仍按原标准控温，其焚烧室里的温度就会更高，混乱了焚烧的正常温度。随着汽车发动机转速和功率的不断提高,热负荷也愈来愈高,对冷却系统的要求也越来越高,人们对包含散热器在内的冷却系统的研究愈加重视,新技术、新材料不断涌现。

就散热片材质来说，每种材料其导热性能是不同的，按导热性能从高到低排列，分别是银，铜，铝，钢。不过如果用银来作散热片会太昂贵，故好的方案为采用铜质。虽然铝便宜得多，但显然导热性就不如铜好（大约只有铜的50%左右）。目前常用的散热片材质是铜和铝合金，二者各有其优缺点。铜的导热性好，但价格较贵，加工难度较高，重量过大很多纯铜散热器都超过了CPU对重量的限制），热容量较小，而且容易氧化。而纯铝太软，不能直接使用，都是使用的铝合金才能提供足够的硬度，铝合金的优点是价格低廉，重量轻，但导热性比铜就要差很多。有些散热器就各取所长，在铝合金散热器底座上嵌入一片铜板。