首先，次氯酸钠消毒杀菌主要的作用方式是经过它的水解作用构成次氯酸，次氯酸再进一步合成构成重生态氧[O],重生态氧的极强氧化性使菌体和病毒的蛋白质变性，从而使病原微生物致死。依据化学测定，次氯酸钠的水解会受pH值的影响，当pH超越9.5时就会不利于次氯酸的生成。 而关于ppm级浓度的次氯酸钠在水里简直是完整水解成次氯酸，其效率高于99.99%.其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不只可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可浸透入菌（病毒）体内与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等发作氧化反响或毁坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死亡，从而杀死病原微生物。

在抗洪防病消毒时，常采用次氯酸钠溶液进行消毒，其杀菌作用与漂白粉基本相同。由于次氯酸钠在水中同样产生次氯酸，再在水中极易产生氧原子和氯原了，病原体蛋白受到氧化和部分氯化作用而死亡。其消毒灭菌效果决定于溶液中的有效氯含量。由于生产次氯酸钠溶液的工艺流程及方法不司，次氯酸钠原液中有效氯含量常并不相同，若配制不当（因含量过高或过低），可造成浪费药液或影响消毒效果。

正确的配制方法如下：一步，要掌握次氯酸钠原液中的有效氯含量：一般含量在10～12％(相当于10万一12万ppm)之间；第二步，根据不同消毒对象及物件，确定需配制消毒液中的有效氯含量，如环境消毒常用有效氯含量0.05％的溶液(相当于500ppm)，餐具消毒常用0.025％的溶液(相当于250ppm)；第三步，按下式算出需配制消毒的原液用量：需配制消毒液的原液用量=配制消毒液中的含氯量配制消毒液量（毫升）原液中含氯量。