次氯酸钠能破发色基团，在降低有机污染物污水的色度的方面有着很好的效果。陆贤等研究了采用次氯酸钠法深度处理造纸废水的效果，其结果表明COD的去除率超过50%，废水的色度降低了88%左右。陈芳等发现次氯酸钠在光照条件下，浓度为1.25x10-3mol/L时，对亚甲基蓝的有着高达96.60%的降解率，COD的去除率也超过75%。

众所周知次氯酸钠用于自来水消毒是目前水厂有效的消毒方式，但是很多人关于次氯酸钠用于自来水消毒的原理并不是特别理解，次氯酸钠消毒主要的作用方式是经过它的水解构成次氯酸，次氯酸再进一步合成构成重生态氧，重生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，从而致死病源微生物。 其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不只可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可浸透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等有机高分子发作氧化反响，从而杀死病原微生物。再次，次氯酸产生出的氯离子还能显著改动细菌和病毒体的浸透压，使细胞丧失活性而死亡。

次氯酸钠在杀灭空压机循环水藻类中的应用，当次氯酸钠投入循环水池中以后，它可穿透细菌的细胞壁，从而杀死细菌及藻类。杀灭的藻类死亡后从波型板及池壁零落，构成淤泥并沉入池底，从而改善了现有冷却塔的热交流效果。在加药的连续期间，水中的残留次氯酸钠对细菌及藻类生成还有一定的抑止作用。 从而还能减缓藻类的再次构成速度。冷却循环水投加次氯酸钠消毒，确实能够有效地杀死滋生的细菌与藻类，对进步冷却塔的换热效果起到很大的作用。次氯酸钠作为杀菌消毒还是比拟经济的，具有普遍推行应用的前景。次氯酸钠的浓度越高，杀菌作用越强。