从肥效上看，集中施用特别对发挥磷酸盐养分的肥效有效。如果直接把磷酸盐养分施入土壤，生物有机肥态磷成分易被土壤固定，因而其肥效降低。在腐熟好的有机肥料中含有很多磷酸盐成分，为了提髙其肥效，生物有机肥应集中施用，减少土壤对态磷的固定。穴施的关键是把养分施在根系能够伸展的范围内。因此，集中施用时施肥位置是重要的，施肥位置应根据作物吸收肥料的变化情况而加以改变。理想的施肥方法是，肥料不要接触种子或作物的根，距离根系有一定距离，作物生长一定程度后才能吸收利用。

集中施用除了量大的粗杂有机肥料外，养分含量高的生物有机肥一般采取在定植穴内施用或挖沟施用的方法，将其集中施在根系伸展部位，可充分发挥其肥效。集中施用并不是离定植穴越近越好，好是根据生物有机肥的质量情况和作物根系生长情况，采取离定植穴一定距离施肥，作为待效肥随着作物根系的生长而发挥作用。在施用有机肥料的位置，土壤通气性变好，根系伸展良好，还能使根系有效地吸收养分。

全层施用在翻地时，将有机肥料撒到地表，随着翻地将肥料施人土壤表层，然后耕入土中。这种施肥方法简单、省力，肥料施用均匀。这种方法同时也存在很多缺陷。肥料利用率低，由于采取在整个田间进行撒施，所以一般施用量都较多，但根系能吸收利用的只是根系周围的肥料，而施在根系不能到达的部位的肥料则白白流失掉；容易产生土壤障碍，有机肥中磷、钾养分丰富，而且在土壤中不易流失，大量施肥容易造成磷、钾养分的富集，造成土壤养分的不平衡；在肥料流动性小的温室，大量施肥还会造成土壤盐浓度的增高。