商标诉讼转让注册商标是委托有商标代理资格的组织代为办理，还是直接到商标局办理，申请人应当根据自己的具体情况决定。如果申请人熟悉商标法律法规及相关程序，经常居所或者营业场所的通邮状况良好的，可以直接到商标局办理；若不具备上述条件，委托商标代理组织代理；在中国没有经常居所或者营业场所的外国人或者外国企业在中国申请转让注册应当委托商标代理组织代为办理。商标局在对商标转让进行审查的过程中，往往要给申请人发出各种文件，如补正通知书、驳回通知书等。这些文件大多要求申请人对原申请内容做一定修改并回复。这些文件一般通过邮局邮寄，鉴于我国部分地区的邮递通道不是很畅通，加之有些申请人地址发生变动，商标局发出的文件申请人收不到的现象屡有发生，影响了转让注册的进程。

商标诉讼因行政命令而发生的转让 这种转让形式一般发生在公有制国家。这里说的行政命令主要是那些引起财产流转的计划和行政。例如我国国有企业根据行政命令发生分立、合并、解散或转产，必然会发生注册商标主体变化的问题。

商标诉讼办理注册商标转让手续必须符合以下规定：（一）受让人必须具备商标注册申请人的资格；（二）受让烟制品、人用药品的注册商标时，受让人必须附送相应的证明；（三）转让人必须将其在同一种或类似商品上注册的相同或近似的商标一并转让，而不能转让一部分、自己再留一部分使用，或者将另一部分转让给第三人；（四）商标所有人如果已将该商标许可他人使用，办理转让之前，必须征得被许可人同意，按照使用许可合同的规定，处理好善后事宜，不得因转让损害被许可人的利益。