商标诉讼转让注册商标是委托有商标代理资格的组织代为办理，还是直接到商标局办理，申请人应当根据自己的具体情况决定。如果申请人熟悉商标法律法规及相关程序，经常居所或者营业场所的通邮状况良好的，可以直接到商标局办理；若不具备上述条件，委托商标代理组织代理；在中国没有经常居所或者营业场所的外国人或者外国企业在中国申请转让注册应当委托商标代理组织代为办理。商标局在对商标转让进行审查的过程中，往往要给申请人发出各种文件，如补正通知书、驳回通知书等。这些文件大多要求申请人对原申请内容做一定修改并回复。这些文件一般通过邮局邮寄，鉴于我国部分地区的邮递通道不是很畅通，加之有些申请人地址发生变动，商标局发出的文件申请人收不到的现象屡有发生，影响了转让注册的进程。

商标诉讼流程适用《商标法》第三十九条。 第四十二条转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议，并共同向商标局提出申请。受让人应当保证使用该注册商标的商品质量。 转让注册商标经核准后，予以公告。受让人自公告之日起享有商标专权。

商标诉讼申请商标转让须使用工商行政管理总局制定、公布的统一格式的申请书。该申请书可以到商标局注册大厅索取。也可在网上下。委托商标代理组织办理的，则由代理组织提供。 办理商标转让申请须向商标局提交以下文件： 1、《商标转让申请书》一份，申请书上应加盖申请人及受让人的章； 2、由受让人加盖公章的《商标转让委托书》； 3、受让人《营业执照》的复印件； 4、按规定交纳商标转让申请等费用； 5、如果委托机构申请还要需交纳部分费用（规费由委托机构定收）；