微生物有机肥有机肥料中的主要物质是有机质，施用有机肥料增加了土壤中的有机质含量。有机质可以改良土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。中国农村的”地靠粪养、苗靠粪长”的谚语，在一定程度上反映了施用有机肥料对于改良土壤的作用。施用有机肥料既增加了许多有机胶体，同时借助微生物的作用把许多有机物也分解转化成有机胶体，这就大大增加了土壤吸附表面，并且产生许多胶粘物质，使土壤颗粒胶结起来变成稳定的团粒结构，提高了土壤保水、保肥和透气的性能，以及调节土壤温度的能力。

微生物有机肥但是使用有机肥料也有存在养分含量低，不易分解，不能及时满足作物高产的要求。传统的有机肥的积制和使用也很不方便。人畜禽粪便、垃圾等有机废物又是一类脏、烂、臭物质，其中含有许多病原微生物，或混入某些毒物，是重要的污染源，尤其值得注意的是，随着现代畜牧业的发展，饲料添加剂应用越来越广泛，饲料添加剂往往含有一定量的重金属，这些重金属随畜粪便排出，会严重污染环境，影响人的身体健康。

微生物有机肥中国农民积制和使用有机肥料有悠久的历史和丰富的经验。在中国农业生产的漫长历史中，一直靠有机肥料改良土壤，培肥地力，生产粮食，养育了我们中华民族的祖祖辈辈，可见有机肥料在当时农业生产中起着极为重要作用。新中国成立以后，中国化肥工业得到发展，化肥使用逐年增加。在50～60年代，有机肥在农业生产中仍起主导地位，肥料施用上仍以有机肥料为主，化肥为辅。1965年，有机肥占肥料投入总量的80.7%。70年代，中国化肥发展很快，从1971～1980年的10年间，产量由299.4万吨(养分)，增加到1232.1万吨。