正常关机：当关闭RO系统时，在高压泵关闭前，逐渐打开高压浓水阀门，严禁突然降低压力，随后以渗透液或高品质进水冲洗，以除去膜组件内的高盐份直到浓缩液之电导达到进水电导值。冲洗以低压进行(约3Kg/cm2)，高进水流量对清洗有利。用于冲冼的水需不含使用于前处理的化学药品，因此在冲冼之时，应停止添加抗水垢剂及硫酸等。在冲冼后，完全关闭注水阀，若浓缩液管线末端进入排水处低于压力容器，浓缩液管线内空气出口必须位于高过压力容器顶点的地方，否则压力容器必须以虹吸抽空。

常规开机：RO系统一旦开始运行，理论上应以一稳定的状况持续操作下去，而事实上，RO系统需经常地关闭与启动，每一启动、闭的循环中，都牵涉到压力与流量的改变，因此对膜元件造成机械应力，因此尽量减少开、关次数，同时正常的开动程序越平稳越好，原则上应与新开机一样的程序，较重要的是进水压力上升要缓慢。

新开机：（1）在开始开机程序之前，充分清洗前处理部分，冲冼掉杂质和其他污染物，不使不合格水注入膜元件。（2）在原水箱有水的情况下，开机械过滤器上进阀和下排阀，开原水泵电源，此时计量泵自动加药，然后水从上进阀进入机械过滤器，下排阀排出，待水清后，开启活性炭过滤器上进阀与下排阀，机械过滤器出水阀，关机械滤器下排阀，这时水进入活性炭过滤器，测试机械过滤器出水的污染指数，同时活性炭过滤器出水清后，RO主机开浓水阀，纯水排放阀。（3）开RO系统进水阀，关活性炭过滤器下排阀，让低压低流量水冲出元件和压力容器内的空气，使压力为0.2-0.4MPa，同时打开保安过滤器排气阀排尽空气；4）在冲洗操作期间，检查所有管线接点及阀是否有泄漏处；（5）在冲洗数分钟，空气排除后，开启高压泵，低压运行几分钟，然后逐渐关闭回水阀门和浓水排放阀门，使压力缓慢上升，直至淡水和浓水的比例接近设计比例，但不可超过，并使压力不超过设计上限；（6）待运行稳定，产水电导率达到要求后，开纯水箱进水阀，关纯水排放阀，将合格产水放入纯水储存箱。