复合微生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。复合微生物有机肥经高温腐熟，杀了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。复合微生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀了里面的全部微生物。复合微生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。复合微生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。

复合微生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。复合微生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。复合微生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。复合微生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。复合微生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。

复合微生物有机肥营养元素齐全；其他化肥营养元素只有一种或几种。复合微生物有机肥能够改良土壤；其他化肥经常使用会造成土壤板结。 复合微生物有机肥能提高产品品质；其他化肥施用过多导致产品品质低劣。 复合微生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；其他化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。复合微生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；其他化肥单独使用易造成养分的固定和流失。