由于小麦种子脱粒机滚筒直径较大，转速高惯性大，对修理质量要求很高，因此对于关键性的部件是不得采取焊接修复的，应当及时更换受损部件，以确保脱粒作业的安全。此外，在更换小麦种子脱粒机纹杆时应成套更换，不得只更换几根或是新旧混装，这将可能导致滚筒不平衡，加剧振动，并导致脱粒不干净等问题的出现。小麦种子脱粒机经过检修后应当及时做静平衡试验，在滚筒上预先做出标记，直到标记可以在任何一个位置上停止下来才算是符合要求。此外，发现板栅格破损或是挡风板变形应及时修复更换。

虽然种子脱粒机操作方便易上手，但在使用的时候，仍不得临时拼凑工作人员，确保使用者具有相应的知识与实践经验，否则将很容易出现问题甚至发生安全事故。此外，若设备需要移动或进行安装工作，需找相应的技术人员操作，且应先断掉电源检查安全后再开展工作。尤为重要的一点是，不得使种子脱粒机处于超负荷状态之下运转，同时切忌设备连续作业时间过长，通常在几个小时后便要休息一下，否则将很不安全。而在喂料的过程中也需要保持下料均匀适量，避免影响工作的正常进行或对设备造成损伤。当然，参与工作的人员数量也应适当，人员过多可能会导致混乱，甚至引发意外事故。

小麦种子脱粒机不同速度的选择除了对脱粒效率起着决定性的作用，还将直接的影响到设备的使用寿命以及脱离的干净程度。因此在调节设备速度的时候应当按照操作规范或说明书上的要求进行。除此之外，在使用的过程中，小麦种子脱粒机脱离速度也不宜过快，同时不可以按照个人想法随意提高转速。通常情况下为28~32m/s的速度运转。如果转速过高，不但脱离速度不会提升，反而还会导致籽粒破碎严重、设备使用寿命缩短与各种不安全因素的出现。在设备的运转过程中，应根据要求规定或标志安装相匹配的电动机或柴油发动机和合适的皮带轮，注意不要装反，以免影响农作物脱离的清洁度。