玉米脱粒机的安全操作包括以下几个事项。1、工作前应检查各部连接处有无松动、机体内有无遗留的工具或硬质物，转动滚筒皮带轮检查各转动部位有无刮磨处，在确认机器各部技术状态良好后，才能作业。2、机器要有安全罩，无安全罩处应用木栅等栏好，操作人员不要靠近各转动部位。3、喂入台应稳固，除喂料人以外，其他人员不要入料。喂料人应带口罩和眼镜，并扎紧袖口、裤口和衣襟。4、工作中应有统一指挥，按统一信号工作。动力机由机手看管起动。5、经常注意玉米脱粒机的运转情况，发生异常音响要立即停机检查。

由于小麦种子脱粒机滚筒直径较大，转速高惯性大，对修理质量要求很高，因此对于关键性的部件是不得采取焊接修复的，应当及时更换受损部件，以确保脱粒作业的安全。此外，在更换小麦种子脱粒机纹杆时应成套更换，不得只更换几根或是新旧混装，这将可能导致滚筒不平衡，加剧振动，并导致脱粒不干净等问题的出现。小麦种子脱粒机经过检修后应当及时做静平衡试验，在滚筒上预先做出标记，直到标记可以在任何一个位置上停止下来才算是符合要求。此外，发现板栅格破损或是挡风板变形应及时修复更换。

在小麦、玉米等作物成熟的季节里，常常会发现种子脱粒机摆放脏乱无序，并放置在露天场地之中。为防止雨水侵蚀，一些设备上面会有简易雨布搭盖，但这并不能有效地抵挡日晒雨淋，长期如此会，还导致种子脱粒机出现掉漆锈蚀，机件晒冻的情况发生，大大降低了设备的使用寿命。此外，一些易损部件若不加以检查留意，将会出现硬化老化的现象，可能会对设备造成一定程度上的损坏，减少使用寿命。通常来讲，保管较好的种子脱粒机甚至能比长期在露天地放置的设备寿命高上两倍，因此在使用过后要格外注意种子脱粒机的放置问题，尽量将其放于室内干燥阴凉的环境之中，即使在室外也要做好防护措施，避免导致过多的维修，在较大程度上延长设备的使用寿命。